Equity Review · KOSDAQ 060590

씨티씨바이오 — 분쟁 3년의 끝, 저평가인가 미검증인가

투자 검토 보고서 · 2026년 7월 20일 · 주가 2,900원 · 시가총액 701억원 · 기준 데이터: DART(1Q26 분기보고서 2026.5.12까지), KRX/네이버(2026.7.20), 증권사 리포트 7건(2019–2023)
주가 (7/20)
2,900원
52주 고점 대비 −55%
시가총액
701억
2,418만주
PBR
0.92배
1Q26 자본 762억
최근 4개분기 PER
11.5배
LTM 순이익 61억
1Q26 영업이익
46.0억
OPM 13.3% · YoY 5.1배
순차입금
약 202억
차입 384억 − 현금 182억
요약. 씨티씨바이오는 동물약품(사료효소제 CTCZYME·백신·박테리오파지)과 인체약품(개량신약·ODF 필름·제네릭)을 만드는 회사다. 2021년부터 3년을 끈 경영권 분쟁이 2025년에 완전히 끝났고 (파마리서치 승리 → 바이오노트가 주당 8,532원에 최대주주 인수), 자회사 3곳 청산과 비용 구조조정으로 2025년 연간 흑자전환, 2026년 1분기에는 영업이익 46억(영업이익률 13.3%)으로 이익 체력이 한 단계 올라섰다. 그런데 주가는 그 사이도 계속 흘러내려 현재 PBR 0.92배, 시총 701억 — 대주주가 8개월 전 지불한 단가의 34%다. 핵심 쟁점은 단순하다: 1분기 이익이 지속 가능한 구조적 개선인지(수출·믹스·비용절감의 조합), 아니면 일시 요인인지. 2026년 8월 반기보고서가 1차 검증대다. 증권사 커버리지는 2023년 6월 이후 전무해서, 시장에는 이 턴어라운드를 공식적으로 세어 본 사람이 아직 없다.

1. 무엇을 하는 회사인가

1993년 설립, 2002년 코스닥 상장. 화성(동물·건기식 GMP)·안산(인체 GMP)·홍천(동물약품 GMP)·김해에 제조시설을 두고 있으며, 미생물발효·약물코팅·약물전달(DDS) 기술이 기반이다. 사업은 크게 둘이다.

2. 기존 증권사 리포트 검토 — 그리고 3년의 공백

리포트 검색 DB(텔레그램 아카이브 89,551건 → 증분 갱신 후 재검색)에서 씨티씨바이오 관련 리포트는 7건이 전부이고, 가장 최근이 2023년 6월이다. 이후 3년간 신규 커버리지가 없다.

일자증권사제목(요지)당시 주가
2023.06.15한양(오병용)사료첨가제+의료용대마 관련주, 경영권 분쟁도 있다 (N.R)10,270원
2022.05.03한양올해 완전 달라지는 기업, 주가는 그대로네 (N.R)
2022.03.03신한(이동건)탐방 후기 — 진단키트 CMO·복합제 3상9,690원
2021.05.03IBK1Q21 실적 개선 & 인체의약품 성장모멘텀
2020.09.02SK코로나 위기를 성장의 발판으로
2020.05.26IBK인체의약품·신규사업 성장모멘텀
2019.10.21(복수종목)고려산업 외 스몰캡 묶음 노트

당시 주장 vs 2026년 7월 현재 팩트체크

리포트 주장 (시점)판정현재 확인된 사실
경영권 분쟁 — "지분싸움 더 벌어지면 주주에 호재" (한양 2023.6)종결 분쟁은 끝났지만 주가엔 호재가 아니었다. 파마리서치 승리(2025.3 임시주총) → 이민구 전 대표 지분 전량 매각(2025.4) → 바이오노트가 최대주주 인수(2025.10.27, 주당 8,532원). 분쟁 기간 주가는 10,270→2,900원.
발기부전+조루 복합제 연내 허가 기대 (한양 2023.6, 신한 2022.3)실현 2024.5.16 식약처 품목허가(원투정, CDFR0812-15/50mg). 2024년 판매 개시, 개발비 잔액 55.3억을 39개월에 걸쳐 상각 중. 다만 해외 L/O·호주 임상 관련 후속 공시는 없음.
CTCZYME 휴베파마 계약, 하반기부터 해외매출 본격화 (한양 2023.6)진행 중 동물약품 수출 FY24 145억 → FY25 174억 → 1Q26 한 분기에만 69억(연환산 시 전년의 1.6배). 이번 턴어라운드의 핵심 동력.
의료용 대마 필름 — "세계 유일" 상업화 기대 (한양 2023.6)소멸 이후 공시·뉴스·사업보고서 어디에도 진행 흔적 없음. 테마로만 소비되고 사업화 실체는 확인 안 됨.
진단키트 CMO로 별도 매출 2,000억·OPM 20% (신한 2022.3)일시적 FY22 연결 매출 1,652억·영업이익 117억으로 반짝 실현됐으나 코로나 종식과 함께 소멸, FY23 즉시 적자 복귀. 현재 사업에서 진단키트는 소거됨.

시사점: 과거 리포트의 "모멘텀" 중 실제로 살아남아 숫자가 된 것은 휴베파마 수출과 원투정 둘뿐이다. 대마·진단키트류 테마는 모두 소멸했다. 현재 주가에는 테마 프리미엄이 없는 대신, 남은 두 동력의 실적도 아직 밸류에이션에 반영되지 않았다.

3. 지배구조: 3년 분쟁의 전말과 새 주인

  1. 창업주 조호연 → 이민구로 경영권 이동
  2. 파마리서치, 지분 공격적 매입 시작(약 321억 투입, 2대주주 13.6%)
  3. 파마리서치, 최대주주 등극(이민구 측 주식담보계약 해제 과정)
  4. 정기주총에서 양측 충돌 — 이민구 측 이사 선임 강행, 조창선 대표 선임
  5. 파마리서치, 직무집행정지 가처분·주총결의 부존재 소송 제기. 10월 오성창 이사 직무정지 인용
  6. 양측 화해 — 파마리서치, 소송 전부 취하. 지분율 32.94%(특별관계자 포함) 확보
  7. 임시주총: 파마리서치 주도 이사회 재편, 공동대표(조창선·김신규) 체제
  8. 이민구 전 대표, 보유지분 9.41% 전량 파마리서치에 매각(1주만 남김) — 구주주 리스크 소멸
  9. 파마리서치 → 바이오노트 주식양수도 계약: 보유주식의 절반 2,564,858주를 주당 8,532원, 총 219억에 양도
  10. 거래 종결. 바이오노트(23.04%) + 에스디비인베스트먼트(8.70%) = 31.74%로 최대주주 변경, 단독경영 체제
  11. 김신규 대표 사임 → 조창선 단독대표
새 최대주주 바이오노트는 누구인가. 에스디바이오센서 창업자 조영식 의장 계열(지분 44.79%)의 동물용 진단 전문사(코스피 상장). 2024년 연결 자산 1.70조·자본 1.64조·부채 614억·순이익 553억의 사실상 무차입 현금부자다. 동물 진단(바이오노트) × 동물 약품·백신(씨티씨바이오)의 수직 결합이 명분이며, 조영식 측은 이미 2022년부터 에스디비인베스트먼트로 지분을 들고 있던 오래된 이해관계자다. 잔여 지분 10.61%를 남긴 파마리서치와의 특수관계는 거래 종결과 함께 해소됐다 — 이 10.61%는 의무보유가 없는 잠재 오버행이다.

4. 실적: 턴어라운드의 실체

연간 실적 — 만성 적자에서 구조적 흑자로
연결 기준, 억원. 2022년 흑자는 코로나 진단키트 CMO 특수(일시적). 2025년은 자회사 청산에 따른 중단사업 제외 기준.
분기 실적 — 2026년 1분기의 점프
연결·계속사업 기준, 억원. 매출은 완만한 증가인데 영업이익이 뛰었다 — 믹스(고마진 수출)와 판관비 절감(1Q26 98억, 전년동기 113억)의 결합.

무엇이 바뀌었나 — 셋으로 분해

매출 구성의 재편 — 건초가 사라지고 수출이 자란다
연결 매출 구분별, 억원(막대 안 숫자). 건초는 청산된 씨티씨그린의 유통 매출.
연결, 억원FY2023FY2024FY20251Q251Q26YoY
매출액1,3791,4441,238294.5*344.4+16.9%
영업이익−45.8−39.5+62.58.9*46.0×5.1
영업이익률−3.3%−2.7%5.0%3.0%13.3%
순이익−155.9−52.2+32.46.535.0
자본총계(지배)754696727762

* 1Q25는 1Q26 분기보고서의 비교표시(계속사업) 기준. 건초(중단사업) 포함 시 매출 341억·영업이익 9.2억. 분기 수치 합계와 연간치의 미세한 차이는 중단사업 재분류 때문.

5. 밸류에이션 — 세 가지 앵커

앵커계산배수/괴리
① 청산가치 — PBR시총 701억 ÷ 1Q26 지배자본 762억0.92배
② 실현 이익 — LTM(2Q25~1Q26)순이익 61억 → PER 11.5배 · 영업이익 98억, EV 903억 → EV/OP 9.2배11.5배 / 9.2배
③ 1Q26 런레이트 (지속 가정 시)영업이익 46억×4=184억 → EV/OP 4.9배 · 순이익 35억×4=140억 → PER 5.0배4.9배 / 5.0배
대주주 취득단가바이오노트 2025.9 계약 주당 8,532원 vs 현재 2,900원현재가는 34%
주가 상대성과 — 시장 탓이 아니다
2023년 1월 말 = 100으로 지수화한 월간 종가. KOSDAQ은 3년 반 동안 +4%, 씨티씨바이오는 −54%. 2026년 들어서도 코스닥 랠리(1~2월)에 소외됐고, 7월 급락장(호르무즈 사태)이 낙폭을 더했다.

정리하면: 자산 기준으로는 장부가 밑, 지난 1년 실현 이익 기준으로는 코스닥 평균 이하, 1분기 런레이트가 유지된다면 명백한 저평가. 결국 이 투자 판단은 "1Q26이 새로운 정상인가"라는 단일 질문으로 수렴한다. 반대로 말하면, 1Q26이 일회성으로 판명되면 LTM PER 11.5배는 싸지 않다 — 과거 10년 중 8년을 적자 낸 회사의 체질을 감안하면 더더욱.

6. 리스크 — 싼 데는 이유가 있다

① 이익 지속성 미검증. 흑자 분기가 이제 5개(2025년 4개 + 1Q26). 그중 이익률이 두 자릿수인 건 1개 분기뿐이다. 수출 물량의 분기 변동성, 비용절감의 일회성 여부 모두 확인 전.
② 오버행. 파마리서치 잔여 10.61%(약 256만주)는 의무보유가 없고, 전략적 목적이 소멸한 지분이다. 2026년 들어 대량보유 변동 공시는 없지만, 매도로 나오면 시총 701억·일평균 거래대금 수십억 수준의 수급으로는 무겁다.
③ 품질·규제 이력. 2024.11 식약처 GMP 위반 행정처분 — 라프라졸정 등 4개 품목 제조업무정지 1개월 + 정제 제형 전체 7일(해당 품목 연매출 308억, 매출의 22.3%). 재발 시 인체약품 신뢰와 매출에 직접 타격.
④ 소송. 인트론바이오가 43억(자기자본의 5.7%) 손해배상 청구(2025.2, 수원지법, 진행 중). 박테리오파지 사업(FY25 매출 49억) 관련 분쟁 가능성. 패소 시 한 분기 이익이 날아가는 규모.
⑤ 재무 체력. 신용등급 B(이크레더블, 2025.4, "투기적"). 순차입 202억은 관리 가능하나, 자회사 씨티씨백은 자본 −162억 완전자본잠식(FY25 매출 201억·순손실 −20억, 개선 중).
⑥ 시장 구조. 증권사 커버리지 0, 외국인 지분 ~1%, 무배당. 재평가를 강제할 외부 장치가 없다 — 촉매 없이는 싼 상태가 오래 지속될 수 있다.

7. 촉매와 체크포인트

8. 결론

검토 판정: "지켜볼 가치가 충분한 턴어라운드 — 단, 확신은 8월 반기보고서 이후에."

이 종목의 투자 논리는 테마가 아니라 산수다: PBR 0.92배에 1Q26 런레이트 PER 5배, 대주주 취득단가의 1/3 가격, 3년 분쟁 종결, 구조조정 완료. 반면 반대 논리도 명확하다: 흑자 이력 5개 분기, 오버행 10.61%, GMP 처분 이력, 커버리지 부재. 지금 진입하면 "1Q26 지속성"에 베팅하는 것이고, 반기 확인 후 진입하면 밸류에이션 일부를 양보하는 대신 가설 검증을 사는 것이다. 어느 쪽이든 포지션 크기는 유동성(일평균 거래대금 수십억)과 스몰캡 변동성에 맞춰 보수적으로 가져가는 것이 합리적이다.

부록 A. 분기 상세

연결·계속사업, 억원1Q252Q253Q254Q251Q26
매출액294.5309.0318.0316.2344.4
영업이익8.922.714.515.146.0
영업이익률3.0%7.3%4.6%4.8%13.3%
순이익6.511.93.111.035.0

2Q·4Q25는 연간·누적치에서 역산. 1Q26 매출총이익률 41.8%(전년동기 41.5%), 판관비 98.1억(전년동기 113.2억, −13%).

부록 B. 품목별 매출 (연결, 억원)

품목FY2023FY2024FY20251Q26비고
동물 — 효소제14514516245CTCZYME, 휴베파마 수출 축
동물 — 백신27828326씨티씨백(자본잠식, 개선 중)
동물 — 항생제77507424
동물 — 박테리오파지46284920인트론바이오 소송 관련 영역
동물 — 건초(청산)24924500씨티씨그린 청산으로 소멸
인체 — 의약품638650712182원투정·고든정·ODF·제네릭
인체 — 건강기능식품90907216

부록 C. 자료 출처

공시(DART) — 1Q26 분기보고서(2026.5.12, 20260512000155) · FY2025 사업보고서(2026.3.18, 20260318001697) · 손익구조변동(2026.2.25) · 최대주주변경·주식양수도(2025.10.28) · 대표이사변경(2025.9.30/11.14) · 원투정 품목허가(2024.5.16) · 영업정지(2024.11.14) · 소송 공시(2024.5~2025.2) · 연간 재무: fnlttSinglAcntAll(2019–2026).
시세 — KRX 정보데이터시스템 오픈API(2026.7.14~16), 네이버금융 월간시세(060590·KOSDAQ, 2023.1~2026.7.20).
증권사 리포트 — 한양증권(2023.6.15, 2022.5.3) · 신한금융투자(2022.3.3) · IBK(2021.5.3, 2020.5.26) · SK(2020.9.2). 리포트 검색 DB 원문 검토.
언론블로터: 경영권 수성한 파마리서치, 다음 과제는 실적 개선 · 더바이오뉴스: 바이오노트, 씨티씨바이오 최대주주 등극… 파마리서치 지분 50%를 219억에 인수 · 데일리팜: 파마리서치는 왜 씨티씨바이오 최대주주를 포기했나 · 데일리팜: '호실적' 씨티씨바이오, 2015년 이후 첫 흑자 유력 · 딜사이트: 씨티씨바이오 인수한 파마리서치의 첫 행보 · 메디파나: 경영권 다툼, 떠오른 '소송 채무' 변수